方法一：隔根层，一般选用HDPE防渗隔根膜或改性沥青耐根穿刺防水卷材，兼具阻根和防版水功能，热熔权施工。
方法二：屋顶花园施工步骤如下：
a.应先在屋面铺设1-2道耐水、耐腐蚀、耐霉烂的卷材（沥青防水卷材，合成高分子防水材料等）或涂料（如聚氨酯防水材料）作柔性防水层。
b.其上再铺一道具有足够耐根系穿透功能的聚乙烯土工膜、聚氯乙烯卷材，聚烯烃卷材等作耐根系穿刺防水层。（阻根和防水效果兼有）
c.防水层施工完成后，应进行24小时蓄水检验，经检验无渗漏后，在其上再铺设排水层，排水层可用塑料排水板、橡胶排水板、PVC排水管、陶粒、绿保石（粒径3~6厘米，或粒径为2-4厘米，厚度为8厘米以上的卵石）。
d.排水层上放置隔离层，其目的是将种植层中因下雨或浇水后多余的水及时通过过滤后排出去，以防植物烂根，同时也可将种植层介质保留下来，以免流失。隔离层可采用重量不低于250克/平方米聚酯纤维土工布或无纺布。
6.最后，在隔离上铺置种植层。种植层的土壤必须具有容量小、重量轻、疏松透气、保水保肥、适宜植物生长和清洁环保等性能。最好采用人工土壤。