染石的染料有毒吗

不一定。
染料的种类有多种，有些有毒，有些无毒。具体到染石材，也不是一种染料，谁知道你问的是哪一类型、哪一种呢？这个不能光是说染哪种东西的染料，要具体到某个染料的结构来看的。