有机颜料品种繁多，为方便应用及了解其相关化学结构与特性，可以采用不版同的分类方法权。通常依据色谱、分子化学结构及应用性能不同进行分类。
（1）色谱分类
分为黄色、橙色谱；红色、紫色谱；蓝色、绿色、棕色与黑色谱等。
（2）颜料化学结构分类。
依据有机颜料分子中含有的发色基因共分为六大类型;
偶氮类颜料、色淀类颜料、杂环类颜料、稠环酮类颜料、酞菁类颜料、其他类颜料。
（3）颜料应用性能用途分类
在用途分类中，具体分为油墨颜料用有机颜料、涂料用有机颜料、树脂/塑料用有机颜料、橡胶/乳胶用有机颜料、织物印染用有机颜料、功能性颜料，例如：液晶显示器彩色滤色用颜料、荧光颜料、静电复印电荷生产成层用颜料，食品及化妆用颜料等。
（4）颜料应用性能高低分类
在此类分类中主要分为经典有机颜料和高性能颜料、高档有机颜料。