生石灰对大多复数繁殖型病菌都制有较强的杀灭作用，因而常被作为价廉易得的消毒剂而在畜牧业生产上广泛应用，特别是在烈性传染病疫区的大面积场地封锁消毒中发挥着不可替代的作用。其使用方法是：
1.畜禽养殖场消毒 按2~6升/平方米的用量喷洒10%~20%石灰乳，可对路面、厩舍墙壁、地面、顶棚、畜栏等进行消毒；用生石灰1千克，加水350毫升，制成消石灰粉末撒施，可对潮湿的地面、粪池及污水沟等进行消毒；消毒粪便，可加等量的2%石灰乳，至少作用2小时；在畜禽场、肉联加工厂等门口，放置浸透20%石灰乳的湿草包、湿麻袋片，3天更换一次，可对鞋底、车轮等进行消毒。
2.浸泡消毒 将染病皮张放入10%石灰乳中浸泡2小时，然后取出晾干即可。
3.池塘消毒 生石灰还常用于水产生产。作为水质改良剂，水深1米的池塘每亩施用生石灰15~20千克，每月施用1~2次；若带水清塘，先用少量水将生石灰化成浆，水深1米的池塘每亩用生石灰120~150千克，全池泼洒，清塘后7天左右再放鱼；干法清塘，每亩池塘用生石灰60~75千克，先灌水将池塘浸透，并蓄留10厘米左右深的水，然后均匀撒入生石灰