房屋产权登记薄是房屋所有权证的底档和备案资料，由登记机构管理；而房屋所有权证回是产权答人拥有房屋产权的合法证明，由产权人管理。
具体区别如下：
1、监制单位不同
房屋产权登记薄由住房和城乡建设局监制，而房屋产权登记证由国土资源局监制。
2、编号不同
房屋产权登记薄含不动产权编号和证书编号，而房屋产权登记证含房屋的所有权证号和建房注册号。
3、公章不同
房产证盖有各地人民政府的公章，而房屋产权登记证盖有登记单位的公章。
4、性质不同
房屋产权登记薄是房屋登记证明，房屋所有权证才是拥有权证明。
我国《物权法》规定：
第十六条不动产登记簿是物权归属和内容的根据。不动产登记簿由登记机构管理。
第十七条不动产权属证书是权利人享有该不动产物权的证明。不动产权属证书记载的事项，应当与不动产登记簿一致；记载不一致的，除有证据证明不动产登记簿确有错误外，以不动产登记簿为准。