根据对轨交路线区间客流量的分析，将轨道交通三号线划分为三个区间运行，且工作日早晚高峰期与其余时段执行不同的运行区间。具体如下：
工作日早晚高峰（工作日07：30：00――09：30：00、16：30：00――19：30：00）
鱼洞~江北机场为一个运行区间， 九公里~龙头寺为一个运行区间，四公里~江北机场为一个运行区间，鱼洞~龙头寺为一个运营区间。四个区间的列车交替开行。
以鱼洞往江北机场方向为例：
第一列车从鱼洞到江北机场，江北机场为终点站。
第二列车从九公里到龙头寺，龙头寺为终点站。
第三列车从四公里到江北机场，江北机场为终点站。
第四列车从鱼洞到龙头寺，龙头寺为终点站。
第五列车从鱼洞到江北机场，江北机场为终点站。
以此类推。
其余时段（工作日平峰期，周六、周日全天）
鱼洞~龙头寺为一个运行区间， 九公里~龙头寺为一个运行区间，四公里~江北机场为一个运行区间。三个区间的列车交替开行。
即：第一列车从鱼洞到龙头寺，龙头寺为终点站。
第二列车从四公里到江北机场，江北机场为终点站。
第三列车从九公里到龙头寺，龙头寺为终点站。
第四列车从四公里到江北机场，江北机场为终点站。
以此类推。