手术室工作要有严格的工作流程，设备、物品相对固定。为了控制人员进出次数，应将与手术相关的各种物品如敷料包、器械包、补液架、踏板、器械台、显微镜及腹腔镜等器材放臵在固定手术间，由专人负责清洁检查和管理。制定精密仪器管理制度，建立仪器档案，严格使用人责任制，设立专人维修记录。手术结束后，由专人对仪器采用器械清洗液超声清洗，不宜高压灭菌的仪器用2％戊二醛浸泡灭菌，所有手术器械由供应室负责接收清洗、检查保养。
层流手术室洁净区必须离手术台四边至少各1米的范围，非无菌物品及设备不能放臵于洁净区内，麻醉设备应采用无菌单与手术部位隔开。需反复使用的物品术后用1‰含氯消毒剂浸泡与擦拭，紫外线灯照射1小时感染手术用过的物品用过氧乙酸处理。特殊感染手术物品处理时应将废弃物焚烧；手术器械用2%过氧乙酸浸泡30分钟后高压灭菌；墙面、地面、推床、手术床用0.5%过氧乙酸擦拭，然后用甲醛和高锰酸钾熏蒸24小时后通风，连续3次培养无菌方可使用。
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