1）加热方式不同：电蒸炉通过纯蒸汽热传递形式进行加热；微波炉用磁控管产生高频率，使一定范围内的食物内部分子高速振动，产生热量。
2）食物健康营养成分不同：由于电蒸炉是通过热传递形式进行，没有破坏食物本身分子结构，使食物达到原汁原味。故电蒸炉的加工食品营养成分破坏程度为0，微波炉加热的食物营养成分会受到严重的破坏。
3）安全性不同：由电蒸炉本身蒸汽加热原理决定，产品用水蒸汽来煮熟食物。是属于独立体，不存在光波、微波，没有任何辐射，孕妇和孩子都能够近距离接触。而微波炉的磁控管产生辐射不仅对食物本身有辐射，在其工作时对周围人也有辐射产生。
4）加工食物口感不同：电蒸炉加工出的菜品口感新鲜，保留了食物原汁原味，微波炉加热食物发干发硬。
5）对器皿的选择不同：电蒸炉可以使用任何器皿；微波炉者不能选择金属器皿，也不能用密封容器，或者一些不符合微波的某些塑料容器，不然会分解出有毒有害物质。