我家房子土地证上只有两层后来加盖了一层请问第三层算违章吗

这要看具体情况，住用地的土地证有两种，一种是农村的宅基地是集体土地使专用证，另一种是城区属的国有土地使用证。集体土地使用证,能证明你对这块宅基地有使用的权利,没有针对房屋的证件。农村宅基地上盖房需要经过审批,只有这个批示可以证明你是合法建设的。因为宅基地是集体所有的,是不能买卖的。国有土地使用证的话,自建房屋肯定是不能过户的,因为自建房本身就没有审批备案,也就没“户”可过了。