第一，出风对比：水系统运行时，出风温度一般为15-20℃，送风比较柔和，不刺激。氟系统在运行时的出风温度一般为7-12℃，犹如普通家用机的感受，送风比较强劲，容易得空调病。
第二，能效对比：水系统分为空调内机部分和外机部分，内外机通过管道链接，管道里面走的是循环冷冻水。由于水的比热容较大，所以使用率越大越节能，通常比氟机节能20%左右。
氟系统是由室外机与室内机共同组成的制冷系统，内外机通过管道链接，管道里面走的是制冷剂（例如氟利昂）。适合小户型使用，在使用率较低的情况下有优势。
第三，舒适性对比：影响舒适度的主要因素包括温度、湿度、气流组织、风速、负离子浓度，水系统由于水分不容易丢失，故温差梯度小。夏季制冷舒适度特别高，五星级酒店享受。冬季可带地暖，地暖是最舒适的采暖方式。氟系统若长时间使用后，室内比较干燥，容易产生不舒适感，可在房内放置加湿器进行加湿，增加空气湿度。
第四，安全性对比：水系统的制冷系统集中于外机，安全可靠，再加上工作压力低，即使室内水系统出现局部泄露，也容易找到漏点进行补漏。
氟系统的冷媒遍布于系统各部，且工作压力非常高，泄露的几率大，一旦出现泄露，管内的制冷剂会危害大气。而且漏点不易找到，加大了维修难度。
第五，使用寿命对比：水系统的使用寿命一般是20年，氟系统是15年。
通过对比，我们可以发现，水系统最大优点是舒适和节能，符合大户型高端住宅追求舒适品味的家庭。氟系统的最大优点是简单高效，可以再更短的时间更小的空间解决制冷和采暖的问题，适合小户型使用。