需根据实际情况来定论。
一，农民建房应当遵循的原则：
农村居民建房应当使用原有的宅基地和村内空闲地，能够利用劣地的不得占用好地，能够占用荒地的不得占用耕地，使用国有土地的必须办理出让手续。
1、农村村民建住宅，首先向集体经济组织提出申请;
2、村集体经济组织对申请建房户在醒目的地方进行张榜公示(15个工作日以上);
3、国土资源管理所及镇社会事务办公室到实地对申请人是否符合条件，拟用地是否符合规划等进行初审
4、公布期满无异议后，将符合“一户一基”条件的用地户按规定报乡镇人民政府审核后，报县人民政府审批(占用农用地的按规定报市政府办理农用地转用审批手续)。
5、宅基地批准后，国土资源所及镇社会事务办公室到实地批放宅基地，并发放选址意见书，规划许可证，施工许可证(“一书两证”)。
6、村民住宅建成后，国土资源所到实地检查是否按批准面积和要求使用土地，对符合要求的建房户核发集体土地使用证书。
7、村民凭土地使用证及规划许可证申请办理房屋所有权证。
二，农村村民建房目前在《土地管理法》和《物权法》上有些原则性规定，具体操作上要看部委规定和各个地方政府相关的规章和条例(一般各省都有)，涉及到的部门主要是国土和规划。
主要有国土资源部2004年的《关于加强农村宅基地管理的意见》和2010年《关于进一步完善农村宅基地管理制度切实维护农民权益的通知》，各省还有自己的管理办法(宅基地或者农村建房)。
农村村民个人建房流程是村民向村委会申请，村上报乡镇，乡镇上报县市，县(市)政府批准。其中涉及到建设和用地审批，要取得规划部门的许可证后，国土部门再办理用地手续，如果涉及到农用地转用的还要上报省国土厅，
三，一般情况下是镇里接到申请后组织规划所、土地所踏勘，新建和扩建的还要上报县(市)规划部门审核，都要上报县国土部门审核。原则上不需要当事人去跑，不过考虑到人手和效率，实际上很多地方是要村民直接先到规划所和国土所申请的。
总之，就算在自己耕地建房，也要办理规划许可证和用地审批，还要先由国土部门申报农用地转用，受年度用地计划指标控制。未经批准占用耕地建房违反了《土地管理法》，属于违法占地，国土部门可以拆除并罚款。达到刑法标准(耕地10亩，基本农田5亩)的要以非法占用耕地罪移送司法。
要是严格按照法律办事的话土地管理部门就会对所建的违章建筑强行拆除，不过在现实执法中如果所建的违章建筑不牵扯到别人的利益，周围的邻居对你所建的违章建筑不存在争议或者不存在向土地管理部门控告的，
四，土地管理部门就会睁一只眼闭一只眼罚点款，象征性的从墙上拆下几块石头，等他们一走你再把拆下来的石头垒上就没事了。如果存在较大争议的违章建筑土地管理部门就会限期自行拆除，逾期不拆的由土地管理部门强行拆除。
参考资料来源：
非农户口不能在农村建房。
一，农村居民申请宅基地的条件
农村居民申请宅基地必须符合下列条件：
一是农村居民年龄必须年满十八周岁且符合分家条件;
二是农村居民建房必须符合土地利用总体规划和土地利用年度计划及村镇建设规划;
三是农村居民建房限额标准，使用原有宅基地和村内空闲地的限额面积为180平方米，使用农用地的限额面积为140平方米;
四是农村居民建房必须“一户一基”;
五是农村村民在出租，出卖原有的宅基地再申请宅基地的不予批准;
六是严禁非农户和其他人员在本村购买宅基地。
参考资料来源：百度百科-国有土地上房屋征收评估办法