区别一、定义不同。商住房顾名思义就是既可以居住也可以作为用房的普通住房专的商住楼房。公寓的属话是商业地产投资中的一种居住地产形式，空间大小适当、布局规范紧凑，经济实用，相当于学校宿舍、出租公寓，也指旅店宾馆或别墅，更为经济实用。
区别二、产权年限不同。因为商住楼属于经营性用地，所遇不能享受“70年产权，缴纳一定费用，到期后自动续期。而公寓的话按照用地性质不同，产权年限也各不相同。比如商业用地的话一般产权为40年，如果是住宅性用地，产权年限为70年。
区别三、建筑标准不同。公寓一般为日照时间段、采光差、多为一个朝向，不通气。住宅主要是日照时间长、采光好、多个朝向、通气。
区别四、生活成本不同。公寓主要是商业用电用水费用高、停车费和物管费高、不通燃气。而住宅的话一般都是民用水电成本低、停车费和物管费低。
区别五、房贷利率高年限短等特点不同。虽然商用公寓不受住宅限购令、限贷令影响，但因为是商用性质物业，只能获批较高五成、最长10年期的贷款，而且不能申请利率较低的公积金房贷。而商住两用的贷款和利率都是按照市场决定的。
参考资料来源：百度百科-公寓
百度百科-商住房