一、性质不同
1、结构胶：强度高（压缩强度>65MPa,钢-钢正拉粘接强度>30MPa，抗剪强度>18MPa）,能承受较大荷载，且耐老化、耐疲劳、耐腐蚀，在预期寿命内性能稳定，适用于承受强力的结构件粘接的胶粘剂。
2、玻璃胶：一种家庭常用的黏合剂，由硅酸钠和醋酸以及有机性的硅酮组成。
二、特点不同
1、结构胶特点：非结构胶粘剂强度低，耐久性差。它们只能用于普通和临时性能的粘合、密封和固定，但不能用于结构件的粘合。结构胶具有强度高、抗剥离、抗冲击、施工工艺简单等特点。
用于粘接金属、陶瓷、塑料、橡胶、木材等类似材料或不同材料。它可以部分取代传统的焊接、铆接、螺栓连接等连接形式。接头表面应力分布均匀，零件无热效应和变形。
2、玻璃胶特点：玻璃胶的固化时间是随着粘接厚度增加而增加的，酸性玻璃胶在固化过程中，因醋酸的挥发会产生一股味，这种味将在固化过程中消失，固化后将无任何异味。
三、应用不同
1、结构胶应用：在工程中结构胶应用广泛，主要用于构件的加固、锚固、粘接、修补等；如粘钢，粘碳纤维，植筋，裂缝补强、密封，孔洞修补、道钉粘贴、表面防护、混凝土粘接等。
2、玻璃胶应用：用于木线背面哑口处、洁具、坐便器、卫生间里的化妆镜、洗手池与墙面的缝隙处等等，这些地方要用不同性能的玻璃胶。
参考资料来源：百度百科-结构胶
参考资料来源：百度百科-玻璃胶