1992年10月10日，双流决定开展区、乡、镇建制调整，原机投镇、通江乡合并成立通江镇。
1996年5月30日，经四川省人民政府批准，调整通江、金花、九江、东升镇行政区划，通江镇所辖鱼剑、江安、真武、五桐、石鼓、沙湾、千子门七个村划归九江镇管辖；金花镇所辖高林、金星、龙桥、双合、迎春、接待寺、双桂七个村划归东升镇管辖；原通江镇管辖的川西营、永康、白佛、陆坝、瓦房五个村划归金花镇管辖。调整后的通江镇其余村划归成都市武侯区管辖，恢复前名机投镇；调整后的金华其余村划归成都市武侯区管辖，仍名金花镇。
2004年6月16日至6月30日，并村并组建社区工作完成。通过调整，26个镇原有村（含社区）501个，撤并为267个，减少46.7%；原有村（居）民小组4003个，撤并为2094个，减少47.7 %。其中，村由462个减少到183个，减少60.4 %，村民小组由3771个减少到1480个，减少60.7%；社区由39个增加到84个，增加115.4%，居民小组由232个增加到614个，增加164.7%，村组建制大幅减少。
1996年5月24日，双流中和镇的双土、五岔子、建设三个村，华阳镇的大源、铜牌、民乐、勤俭四个村被划归高新区桂溪乡管辖。调整后的华阳镇，幅员面积68.55平方公里，人口91277人。1996年，中和镇幅员面积19.06平方公里，人口27491人。
1997年，双流面积1103平方千米，人口87.9万，辖19镇9乡：东升镇、太平镇、永兴镇、华阳镇、中和镇、文星镇、籍田镇、正兴镇、彭镇、大林镇、煎茶镇、黄龙溪镇、金桥镇、永安镇、白家镇、金花镇、九江镇、黄水镇、通江镇、公兴乡、黄甲乡、胜利乡、三星乡、合江乡、兴隆乡、万安乡、白沙乡、新兴乡。政府驻东升镇。
1999年，双流辖17个镇、9个乡：东升镇、大林镇、煎茶镇、永安镇、白家镇、九江镇、黄水镇、籍田镇、正兴镇、彭镇、太平镇、永兴镇、华阳镇、中和镇、文星镇、金桥镇、黄龙溪镇；公兴乡、黄甲乡、胜利乡、三星乡、合江乡、兴隆乡、万安乡、白沙乡、新兴乡。2000年，双流辖21个镇、5个乡。
2004年9月8日，撤销东升镇，其所属行政区域实行街道办事处管理体制。2004年底，双流辖1个街道（东升）、25个镇（华阳、籍田、彭镇、白家、九江、太平、文星、正兴、大林、煎茶、永兴、黄水、金桥、黄甲、公兴、胜利、新兴、兴隆、万安、白沙、合江、中和、三星、永安、黄龙溪），84个社区委员会、183个村委会；面积1068平方千米，人口密度838人/平方千米。
2005年8月12日，撤销双流白家和文星两个镇建制，原来两镇所属的行政区域实行街道办事处管理体制。8月，撤销白家、文星两镇，设立西航港街道办事处，行政区域面积40平方千米。辖13个社区居民委员会，4个村民委员会。办事处驻地设在原白家镇政府。
2005年底，双流辖2个街道、23个镇：东升街道、西航港街道、太平镇、永兴镇、华阳镇、中和镇、籍田镇、正兴镇、彭镇镇、大林镇、煎茶镇、黄龙溪镇、永安镇、九江镇、黄水镇、金桥镇、黄甲镇、公兴镇、胜利镇、新兴镇、兴隆镇、万安镇、白沙镇、三星镇、合江镇。
2006年9月7日，撤销华阳、中和两镇建制，原两镇所属行政区域分别实行街道办事处管理体制。双流撤销华阳镇、中和镇，设立华阳街道、中和街道。
2010年4月，对天府新城和相关地域进行整合，将中和街道辖区整体和华阳街道辖区会龙村、观东村、红松村、石河村、蒲草村共5个村整体以及天府大道以东的劲松村部分组和东寺村部分组整组，面积约35平方公里的区域纳入成都高新区管委会管理范围。
2011年9月5日，双流黄甲、九江两个镇撤镇，实行街道办事处管理体制。
2012年2月，双流辖7个街道、18个镇：东升街道、西航港街道、华阳街道、黄甲街道、九江街道、中和街道、公兴街道、太平镇、永兴镇、籍田镇、正兴镇、彭镇、大林镇、煎茶镇、黄龙溪镇、永安镇、黄水镇、金桥镇、胜利镇、新兴镇、兴隆镇、万安镇、白沙镇、三星镇、合江镇。
2013年12月1日，双流新兴、万安、白沙、兴隆、合江、太平、永兴、三星、大林、煎茶、藉田11镇，剑南大道南段、元华路以东的华阳街道、正兴镇范围内的社会管理、公共服务等事务正式由四川省成都天府新区成都片区管理委员会管理和服务。 1街道12镇划归天府新区成都直管区后，行政区划仍属双流，人大、政协、人民武装等其余事务仍归双流管辖。
2014年1月22日，增设协和街道办事处，辖剑南大道华阳街道段以西（天府新区成都直管区正兴镇及华阳街道余下部分区域组成）面积约14.5平方公里的区域，协和街道办事处驻地为长顺路6号。至此，双流管理面积为466平方公里。 截至2015年12月，双流区行政区域划分为8个街道、18个镇：东升街道、西航港街道、华阳街道、黄甲街道、九江街道、中和街道、公兴街道、协和街道、太平镇、永兴镇、籍田镇、正兴镇、彭镇、大林镇、煎茶镇、黄龙溪镇、永安镇、黄水镇、金桥镇、胜利镇、新兴镇、兴隆镇、万安镇、白沙镇、三星镇、合江镇。
成都市双流区人民政府委托四川省成都天府新区成都片区管理委员会管理1个街道、12个镇：华阳街道、新兴镇、万安镇、白沙镇、兴隆镇、合江镇、太平镇、永兴镇、三星镇、大林镇、煎茶镇、籍田镇、正兴镇。
成都市双流区人民政府委托成都高新技术产业开发区管理委员会管理1个街道：中和街道。
委托管理的代管区域行政区划仍属双流区，其社会管理、公共服务等事务由代管机构管理，人民代表大会、政治协商会议、人民武装、行政区划管理等政治性事务仍由双流区管辖。
双流区管辖6个街道、6个镇：东升街道、西航港街道、九江街道、黄甲街道、公兴街道、协和街道、彭镇、金桥镇、黄水镇、永安镇、胜利镇、黄龙溪镇，共103个社区、28个村。成都市双流区人民政府驻地东升街道顺城街1号。