第三版土地利用总体规划修编始于2005年，2006年7月上报国务院。当年第149次国务院常务会讨论后决定暂缓批准，其中一个最为关键的指标就是，18亿亩耕地红线必须守住。中国耕地面积从2005年的18.31亿亩，到2020年的18.05亿亩，差额只有2600万亩地，而这15年中国将新增建设用地1亿多亩，必然要突破占地红线。《规划》预期新增建设用地2010年总量是2925万亩，2020年是8775万亩。至少得占用耕地8700万亩，《三版规划》给整理复垦开发补充耕地确定的约束性指标是：2010年1500万亩，2020年4500万亩；此外，由国家整理复垦开发的重大工程补充耕地到2020年预期1210万亩。两项合计，15年间通过土地整理要补充耕地7210万亩。这样的平衡其实很难做，占的是好地，补的是差地，表面上看面积补上去了，但土地质量和产能能否保证，很难说。
耕地红线 现有土地利用格局所体现出来的这些问题，实质上反映了国家与地方利益的对立。国家要保粮食安全，而地方要的是财政，产粮大县往往都是财政穷县，国家为缓解矛盾，每年给三农补贴，但不能从根本上解决利益对立的问题。
这次三中全会给农民以更加充分而有保障的土地权利，其最大的政策突破是允许农村建设用地入市。农村建设用地共计2.7亿亩，其中包括1.85亿亩宅基地。如果允许宅基地入市，将给农民带来13万亿的财富，如果仅仅是允许宅基地以外的农村建设用地入市，这笔财富也高达5万亿。 土地整理方面也同样需要处理好农民的权益分配问题。郧文聚说，国家的农村政策是多予少取，土地整理体现了多予的一面，但是在操作中要把农地集中起来进行规并整理时，需要暂时冻结农民的承包经营权，这要取得农民的同意才行。农民最担心的是土地整理好以后，权益再分配时存在的不公正，这是土地整理在推进过程中普遍存在的问题，需要立法来解决。在关注《土地管理法》修改的同时，土地整理中心准备推《土地整理法》。立法工作以国土资源部为主，郧是参与起草人之一。