根据你所说的这种情况，你所涉及到的其实是两个问题：一是“现户主是大儿，因没有住在一起（乡下房子空着）想把户口分开”；二是“在原有房子里”不可以“有两个户主”。
按照你在提问中的表述，回答如下：
1.分户可以，但必须符合户口登记机关规定的分户条件。而该主要的分户条件为：户内因发生婚姻、分家等变化需要分户，且房屋所有权、使用权已经分割的，可以凭能够证明房屋所有权、使用权已经分割的证明材料申报分户登记。房屋所有权、使用权未分割的，不予分户。
2.关于户主的设立：户主一般由房屋的权利人或承租人担任。房屋有产权共有人的，由共有人商定户主。而这个“担任”和“商定”，结果只能是一个人担任而并非可以设“两个户主”。反过来说，即使是担任了这个户主，并没有取得对该房产的利害关系，因为户主的责职，只不过是负责申领和保管本户的居民户口簿，申报立户分户、整户迁移等与户有关以及户内成员的迁入、迁出、死亡、变更更正（变更姓名、更正出生日期等除外）等事项，督促户内其他成员及时申报户口登记事项。
希望我的回答能对你有所帮助。