我家盖房房后留了两米后院二层想留窗户后邻居不让怎么办

只是房子不违法，什么位置留窗户都可以。
但是有些邻居可能迷信还是为了回隐私什么的答不愿意让留，为了邻里和谐可以调整位置或不留，这要看自己和邻居的关系。
最重要的是，只要你这个房子改出来合法墙上想怎么装窗户，别人都是管不到的，
各地有各地的风俗习惯，我感觉邻里之间还是相互尊重比较好，如果关系弄得很僵的话，自己的生活也不会愉快，祝你生活幸福。