这个问题很难说清楚，因为目前有很多种说法，众说不一，将这些说法收集记录如下。
从植物学角度，根本就没有叫紫檀和黑檀的树种，最权威也是最常议论的就是小叶檀和大叶檀。而很多玩木器的人又都认为老家具里面提到的紫檀属于小叶檀，目前的紫檀是大叶檀。偏黑色的木头有黑酸枝和大叶檀两种，偏红的木头有小叶檀和红酸枝。紫檀作为老红木家具一种代表性的材料，逐渐也成了红木的代名词。而目前的红木家具其实可以涵盖很多品种，最低档的是红酸枝，最高档的是海黄梨，都算红木。严格的讲，过去所谓的紫檀指的是印度小叶檀，而目前所谓的小叶檀与传统的印度小叶檀存在区别，印度小叶檀木筋黑色，间隙均匀，缝隙间的木肉呈深红色甚至血红色，这也是一种“小叶血檀”称谓的由来。而目前的所谓小叶檀本身的筋肉颜色差异不大，但整体存在部分颜色不均现象，暗部接近黑色，浅部呈赭红色，特征与大叶檀较为接近。另据了解印度的人介绍，目前在印度国内，传统的印度小叶檀早已绝迹，而这种树古往今来也没有在印度以外的国家出现过，即使移植也难保持原貌。因此目前新材料中的小叶檀相较老料小叶檀还是存在着一些差异。很多喜欢玩木器的朋友都喜欢收集些老料，采取老料新工的方法制作玩件。如果有幸能够亲眼对比，不难看出以上提到的几种木材的差异。
传统的紫檀，应为印度小叶檀，不过公认已绝种。
目前市场上经常见到的以紫檀自居的品种包括：红酸枝、大叶檀、黑酸枝、（新）小叶檀。
这里面的形象差异比较来看，红酸枝呈较深绛红色，整体偏黄明显；黑酸枝呈黑色，夹杂深灰色纹理，光泽度稍逊；大叶檀深黑或黑紫，夹杂赭红色斑块；小叶檀黑紫，夹杂赭红色线条或小斑块，较大叶檀整体感觉稍许偏黄。
黑檀过去也称乌木，基本为黑酸枝；目前的黑檀有黑酸枝和大叶檀混居。