水冷较风冷稳定，但是初投资较高，风冷在北方容易结霜，影响工作效率。
冷跟水冷的差别在外观上是有明显差别的，风冷式的外观有风冷入口，比水冷大很多和能看过滤窗口，水冷则只有排风窗口，在制冷原理上也有不一样，一个是通过吸收外界风并且降温传到室内，水冷则是用谁冷却，用室内空气循环制冷，传输的介质也是不一样的，风冷需要大的空气传输管道，水冷则不需要那么大的管道铺设。风冷可以传输更远，水冷则稍微要比风冷传输的区域小多了，但是效果要比风冷的好。
水冷却实质上是在风冷却的基础上再加上水冷却。它带有散热器（水箱）、节温器、水泵、水管等。散热器后面装有风扇强制通风冷却，整个水冷却系统与汽车冷却系统差不多。冷却水在水泵的驱动下不断循环，经过散热器降温，在节温器阀控制下（控制水温在80度左右）通过气缸体水套吸热再回到散热器，从而达到冷却目的。水冷却多用在250毫升以上大排量摩托车上，但近年有些125毫升摩托车也采用水冷却方式。
两者比较，水冷却的效果要好得多，冷却均匀，不会受到外界环境影响，可以提高发动机的负载。但因为构造复杂成本较高，出故障的机会也多，而且由于有风扇、水泵等耗能装置，发动机功率损耗大。风冷却的摩托车构造简单成本较低，发动机功率利用率高，维护方便。但缺点也不少，冷却面不均匀，受外界环境影响大。例如在夏天，如果马路堵塞开开停停缓慢行驶，长时间低速和怠速运行气缸就会过热，容易爆燃产生不正常的燃烧，功率下降，噪音增大。但是这些问题的产生是可以人为避免的。