一般情况下，抵押登记要在房产证下来之后才能办理。你的这种情况很正常。买新房办抵押登记一般两种情况，要么你在买房的同时签署相关的抵押登记材料，然后办理抵押登记授权委托公证，由开发商或者是银行的人去代理你办。这样的话，办抵押登记就不用你本人去房产局。如果你当初没有做授权委托公证的话，房产证下来之后，就需要你亲自去房产局办了。你当时可能只是签署了相关的抵押登记材料,同意用房子做抵押，并没有实际的办理抵押登记手续。跟据我国担保法的规定，以不动产作为抵押向银行申请贷款的，必须要向当地的房屋土地管理部门办理抵押登记手续。所以即使你跟银行之间签署了相关的抵押文件还是不行的，房产证下来之后，把抵押登记办完，你的房子才算正真的抵押到银行的名下。房产局会在你的房产证写上抵押给了哪个银行，抵押期限是多长，你的贷款额是多少，然后再在上面盖个抵押的章，你以后还清贷款的话，可以再去房产局办理解除抵押登记手续，这个各银行规定不一样，可能是银行的人去办，银行也可能把解押的手续给你自己去办。
开发商在你买房之前抵押房屋跟银行贷款这种做法在业内很正常。绝大部分的开发商都是先把没卖的房子抵押出去跟银行贷款，这样他可以循环利用资金，减轻他的资金压力。但是在抵押中的房屋是不可以随便买卖的。所以一般开发商会在卖这套房子的时候先解除这套房屋的抵押，然后再卖。这样不会影响到你房子的产权的。并且你的房产证现在已经办下来了。放心的去办抵押登记吧，不会有什么问题的，这个不算二次抵押。