地板完工后突出地砖的水平面3毫米正常吗

这个是不正常来的。
如果在自选择地板时，提前告诉了施工方的地板的厚度，那么他们在铺贴瓷砖及做地面找平的时候，应该提前将这个问题出来协调好。除非是后续你自己在他们已经做了地面找平后，你重选选择了厚度不同的地板。

出现问题的根本原因在于：在装修前，未做全屋统一的地面面层施工的墙面标高线。