先要看您说的这个工程是公用还是私用，很简单，费用问题摆在这里；
然后看是施工在哪个部位，区别也很大；
最后才说材料。
我暂且先假设您说的是私家用的屋面防水为例：
屋面防水，按国标要求，最省也是要有一道防水层，但无论是单独用卷材还是涂料，都有缺陷，所以现在常用一道卷材+一道涂料配合防水；材料性能必须可以兼容，比如沥青涂料打底，后铺沥青卷材，不可能沥青涂料配合高分子卷材或者涂料，因为材料结合不牢，有可能还会相互腐蚀、破坏。
然后说保护层，按要求，防水层之上是必须有保护层的，非上人屋面保护层可以选择20mm混凝土，或者铝基反光涂料之类的等等；上人屋面就要求更高了，所以才问是公用私用，费用影响挺大的。
最后回到您的问题，个人建议，如果是自家屋面，防水的钱不要省；
如果已经做了一道沥青涂料，建议增加一道卷材，3mm厚的就够了；
如果已经做了一道沥青卷材，务必确认之前的底油已经做好做到位，不然单道卷材后期问题很多；
至于是否增加一道涂料，也不是不行，不过，水性涂料肯定不靠谱，两种材料结合不好，反倒误事，最后要不要加强、保护层做到什么程度，看个人选择。
还是那句话，自己用的，钱不要省，防水做不好，装修完工之后漏水自然就知道哭了。