我新买的房子139平米实际丈量室内面积99平米合理吗

合理。这个就是所谓的得房率！每套房子都有公摊面积，楼梯间、电梯间、走廊都要分摊到各家各户的，合同和产证上面的都是建筑面积因为有公摊面积要去掉的所以只剩下99平米了。