先撤下商品是对的。
对方如果要处罚，必须向有处罚权限的单位提出侵权诉讼请求，比如当地法院或行政机关等。淘宝仅作为交易第三方是没有权限判定侵权或对商户进行处罚的，但是删除被诉商品是淘宝的自保措施，因为一旦侵权被认定为成立，可能会有连带责任。
你先看看收到的投诉函，有没有提到相关的专利号或商标号，先自己查一下，或找个人帮忙查一下对方是否确实拥有相关权利，权利是否还有效（查法律状态）。然后，是否确实构成侵权，这就涉及到技术层面的问题了，得找专业人士来协助。
在对方没有采取行政或司法手段之前，先要了解清楚上述情况，心里大致有个底，然后准备在应诉前找个好点的代理所，或心里先有个大概的赔偿底限。