您好来，按您说的您是自购买二手房而且办理了按揭贷款是吧？
您现在的情况只是把房产证的过户手续办完了，但是中介拿走了收件收据，那么等您名字的新房产证办出来以后，您只凭自己的身份证是无法领取的（但是到房管局挂失除外，不过您既然没有给房东交完全部购房款，我建议您也不需这样做）。您虽然房产证过户手续完成了，但是房屋的过户手续还差一点点，就是您还未向房屋原业主交完全部购房款，那么房屋的原业主没有得到全部购房款是不会给您腾房子的，也不会和您办理水电、燃气等过户手续。
在产权上，这个房子已经属于您了，因为已经办理了产权证过户。但在法律上，还不能算完全属于您，因为原业主没有得到全部购房款，您也没有房屋钥匙，没有实际占有房屋。
中介扣着这些东西是没有用的，刚才说过，收件收据可以到房管局交易处补办，契税完税凭证可以到财政局业务窗口办理查询，虽不能补办，但财政局查询的复印件盖有与原件相符的章，与原件无异。
不过您既然通过中介购买房屋，那么给中介缴纳的佣金应该在购房合同上是写明的了，如果中介无故收取您购房合同约定之外的费用，您可以拒付的。