制作有机肥基本都采用发酵原理，因此需要发酵场所。对于家庭制作有机肥，没有土地或车间可以用作堆沤等发酵空间，因此，必须要采用容器来发酵制作有机肥。容器的大小根据自己家种菜的多少来决定，最好要能密封口部的容器（发酵时可以密封口部以防止异味扩散到居室），且要用广口容器以利于填装原料和出料。此外，容器要耐腐蚀耐日晒。各种清洗干净的化工桶、油漆桶、陶瓷容器等都可以用来发酵。
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制作有机肥的来源广泛，人和禽畜的粪便、动物及其废弃物、可降解餐厨垃圾、蔬菜水果（家庭都基本会产生一些果皮、发黄蔬菜等）、农作物秸秆、杂草、树叶（枯叶）、易分解生活垃圾、淤泥……这些富含有机物且易分解的材料都可以采用。但是，对于家庭来说，要考虑制作和施用过程中的气味问题，因此，建议尽量避免采用人畜粪便和动物产品以及富含脂肪的餐厨垃圾肉类，这些原料制作的有机肥很可能会产生大量臭味，一旦操作不当还可能产生病毒或细菌污染，对于家庭来说，采用植物性原料更合适。
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在采集原材料的时候，尽量要在无污染的环境收集。如果是使用生活垃圾，要注意把塑料和金属等物品挑出来，尤其是废弃电池和电子垃圾等不能混入材料里，这些废弃物品都含有大量有毒有害物质，否则很可能导致蔬菜受到重金属污染。
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堆肥法是制作有机肥的常用原理。把发酵材料淋湿，填充到容器里，用力压紧，在材料表面铺上一层5厘米厚的泥土，铺了泥土后物料表面跟容器口部差不多持平即可。铺泥土后，就对图层洒水，要让泥土充分湿透，以后干了再洒水，要始终保持图层湿润。如果是用的生鲜杂草做原料，可以用开水把杂草烫死再进行发酵。无需覆盖容器口部，把容器置于阳光下晒，高温有利于发酵。
如果是用于种植时的基肥，则可以直接使用种植蔬菜的容器进行发酵。当然，如果是多用途有机肥，则不能使用种菜容器，需要用一个专用的容器。
随着发酵，容器内的物料表面厚度会慢慢下降，当物料厚度稳定下来后（一般需要半个到一个月左右的时间），即可进行种植蔬菜了。种植之前先把容器内的物料搅拌均匀，然后再铺上一层新的泥土，方可移栽或是播种。如果是用来施肥或追肥的有机肥，则需要发酵两到三个月的时间，方可熟透，熟透之后把容器内物料搅拌均匀，即可使用。
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用作基肥或是种植基质的有机肥，其实可以采集自大自然，只需要花时间和功夫去采集即可，无需家庭自制。未经污染的江河湖泊池塘的静水域下的淤泥，长时间没有人工