1、成分不同
水晶石：是稀有矿物，宝石的一种，石英结晶体，在矿物学上属于石英族。主要化学成份是二氧化硅，化学式为SiO2。
石英石：是一种由90%以上的石英晶体加上树脂及其他微量元素人工合成的一种新型石材。它的主要材料是石英。石英是一种受热或压力就容易变成液体状的矿物。也是相当常见的造岩矿物，在三大类岩石中皆有之。
2、性质不同
水晶石：热导性:比玻璃好，但与大多数矿物相比较差，且具有方向性。热融性:水晶很难融化，温度达到1715℃左右时才熔融，有包裹体存在时可降低熔点。化学稳定性:非常好，在常温下仅溶解于氢氟酸，不溶解于其它各类酸、碱。在高温高压条件下可溶解于碳酸钠溶液中。
石英石：具脆性。具有热电性。折射性强，折射率1.533 ~ 1.541，双折射率差 0.009，色散 0.013。石英具有强烈的压电性，即用力敲击摩擦时会产生火花，这也就是燧石取火的方法。
3、形成过程不同
水晶：首先需要有足够且较稳定的的生长空间。其次要有富含硅质矿物的热液，略偏碱性、盐度较低。需要低一高的温度。需要有一定的生长时间，具备这四个条件才可生成水晶。
石英石：岩浆在侵入演化活动过程中，由于温度、压力等条件的改变，分异出富含SiO2的热液，顺层理、裂隙贯入围岩变质岩系中，或沿先期岩浆岩的接触破碎带侵入，形成脉状石英岩矿体。
参考资料来源：百度百科-水晶
参考资料来源：百度百科-石英石