第一，木屋的强度。木结构建筑的首要安全问题是木材与木构件的力学强度。木材专的力学强度测试，较属其他材料比较困难。新发布的“木结构设计规范”，是总结国外经验与我国实践而制定的，目前应是可行的。
第二，木屋的防护。 木结构的防护主要包括：木材的防虫、防腐、防霉和防裂等方面。在长期潮湿的环境里，木构件易受木腐菌侵害，若通风良好，则木构件可以使用上百年仍保持完好无损。对于室外和一些特殊部位，如与地面接触的木构件等易形成腐朽和白蚁等虫蚀问题，一定要按照新发布的“木结构设计规范”与“木结构工程施工质量检验规范”的条例进行防护处理
第三，木屋的防火。国内外相继探索使用多种化学方法处理木材，旨在提高木材防火（阻燃）性能。目前阻燃木材与木制品已日益为国内工业与建筑领域采用。
第四，成本问题。木结构房屋以其质量优越，节约能源，施工速度快等优点，其造价较钢筋混凝土结构房屋有一定优势。具体单位造价又因建筑造型，建筑地点、材料等次及施工管理有关。