我司装修自有厂房先走在建工程然后再走长期待摊费用可以吗

是的。
装修自有厂房，先走在建工程，然后再走长期待摊费用

施工期间，费用现在在建工程科目归集。
借：在建工程
贷：银行存款（或工程物资、原材料等科目）

完工后转入长期待摊费用
借：长期待摊费用
贷：在建工程