空气能热水器的缺点一：结霜问题。空气中有大量的水蒸气，当水蒸气遇到较冷的物体，并低于露点温度时，就会结露。 空气源热泵风侧的换热器是蒸发器，液态冷媒在管翅式蒸发器中膨胀蒸发，需要吸收空气中大量的热量，这些热量来自空气中的显热和潜热。其中吸收潜热部分会导致翅片上结露。当环境温度低于5℃甚至更低时，此时的蒸发温度低于0℃，翅片也会低于0℃，结露的水就会变成细细的冰，这就是结霜。
结霜问题主要是出现在北方高寒地区。南方地区基本则不需要顾虑这样的问题。
虽然有结霜问题出现，但是并不意味着这些地区不能使用空气能热水器。
消费者在选购产品时一定要多花点时间在品牌的选择以及对比上，一定要选择有技术有实力的企业。
空气能热水器缺点二：体积大。空气能热水器有分体式和整体式两种，而无论哪一种方式，由于都带水箱，和普通的热水器相比，体积都显得过于庞大。这是限制空气能热水器进入家用市场的一个重大因素。因为普通家庭的厨房或者洗手间都容不下体积庞大的水箱。
空气能热水器缺点三：安装要求高。 由于空气能热水器冷媒运行的压力是空调的两倍，连接管与盘管之间近30米的铜管需要排除空气，上门安装的分体式散装空气能，需要携带专业设备安装才可以达到运行要求，并且受施工技术、天气条件、安装条件的限制，安装难度比较大；