座便器的冲水原理基本是直冲式和虹吸式两种大类。虹吸式中又分旋涡式虹吸和喷射式虹吸。虹吸式马桶内有一个完整的管道，形状呈侧倒状的“S”，池壁坡度较缓，噪音问题有所改善；具有排污能力强，选净面大的特点，所以绝大多数马桶尤其是连体均采用虹吸式。最大优点就是冲水噪音小，也就是所谓的静音。容易冲掉黏附在马桶表面的脏物。缺点是：池底存水面积增大。
冲水方式
不管哪种马桶，首先要取决的是下通的管道，如果管道带有U型存水弯，就选择直冲式的，如果没有存水弯的话，可以选用虹吸式。市场上的坐便器的冲水原理基本是直冲式和虹吸式两种大类。虹吸式中又分旋涡式虹吸和前喷射式虹吸。
旋涡式虹吸
这种坐便器冲水口设于坐便器底部的一侧，冲水时水流沿池壁形成旋涡，这样会加大水流对池壁的冲洗力度，也加大了虹吸作用的吸力，更利于将马桶内脏东西排出。
喷射式虹吸
在虹吸式坐便器上做了进一步改进，在马桶内底部增加一个喷射副道，对准排污口的中心，冲水时，水一部分从便圈周围的布水孔流出，一部分由喷射口喷出，这种座便器是在虹吸的基础上借助较大的水流冲力，将污物快速冲走。
优点：虹吸式坐便器的最大优点就是冲水噪音小，称之为静音。从冲污能力上来说，虹吸式容易冲掉黏附在马桶表面的污物，因为虹吸的存水较高，防臭效果优于直冲式，市场上虹吸式座便器品种繁多，买座便器会有更多的选余地。
缺点：虹吸式坐便器冲水时先要放水至很高的水面，然后才将污物冲下去，所以要具备一定水量才可达到冲净的目的，每次至少要用8升至9升水，相对来说比较费水。 虹吸式的排水管径也就56公分左右，冲水时容易堵塞，所以手纸不能直接扔在马桶里中，安装虹吸式座便器一般还要配备纸篓和搋子