商住两用的公寓以后要交房产税吗

目前不需要。商住两用公寓不能被定义为经营性住房，也不一定是经营性住房。
如果真的开征房产税，将按照实际用途征收。如果要按照商用房征收，必须依据工商部门的注册登记凭证为准。