由于冷冻水一般是封来闭循环系自统，水份几乎没有蒸发，水的温度也偏低，所以一般是不会产生严重的钙镁离子沉淀。对冷冻水管道危害最大的是生锈，先是出现黑色的4氧化三铁，然后由于水里的氧气用完了，4氧化三铁就变成了三氧化二铁，所以，使用时间长的冷冻水管道或风机盘管，拆开后会发现很多黄黄的像泥一样的三氧化二铁，很多人都会误认为这是结钙镁离子垢。
特别是冬天放干水的系统管道，由于管道潮湿，又接触空气，所以长锈特别严重。
冷冻水的水处理主要任务就是保护管道，不让管道生锈，杜绝缝隙腐蚀，晶间腐蚀，点状腐蚀等电化学腐蚀。
还有些冷冻水系统有敞开式的蓄水池，这样的系统要注意杀菌处理。