同等条件下？首先我不知道你指的同等条件是什么，因为在一般的概念中别墅和商品房其实都是商品房的概念。只是表现的形式不同，别墅是以单栋独立、或者是以联排的形式出现，商品房则多以多层或者高层的形式出现。而且周边的环境以及小区的内部环境也有着很大的差别。别墅的环境往往都比普通商品房好很多。
如果论单价的话，肯定是别墅高。你想同时1000个平方的面积，建别墅的话，可能只能建设10套，如果建普通商品房的话，可能会有100套房子。同是开发商，同是建造和地价成本，同样是要收回开发资金，显然别墅的价格的单价和总价都会比商品房高。