小水电站由水利局下属农村水电及电气化发展局归口管理。投资兴建小水电站，其回办理程序如下：
1、业主申报答，经水利局同意后方可办理有关手续。坝址要符合安全、防洪、环保等有关要求。
2、单机500kw以下（含500kw）的小水电站新建项目其立项、可行性研究报告由县级发改委审批，初步设计报告由县级水利局审批；单机500kw以上5000kw以下的小水电站新建项目其立项、可行性研究报告由市发改委审批，初步设计报告由市水利局审批。
3、立项、可研、初设等由相关部门审批后，业主即可筹集资金组织实施。工程结束后业主申请竣工验收，经相关部门验收合格并与电网企业签订并网协议后，方可运行发电。小水电站上网电价由物价部门核准。
4、按照国家对农村水电的有关政策，鼓励和支持多渠道、多层次、多形式筹措资金发展农村小水电，吸纳社会各界精英投资小水电开发项目，小水电开发项目享受政府招商引资优惠政策。