两种使用方法都正确。都表达一座房子的意思。
拓展知识：
1、栋是形声字，木为形，东为声。读音：dòng。本意是指屋子正中最高处的东西向横木，引申为担负重任的人或事物。
2、栋dòng，可以作量词。房屋一座叫一栋 如：三栋房子
3、栋常用词组：栋号 dòng hào----单体建筑物或构筑物的通称。一个栋号是建筑上具有独立使用功能的最终产品，如住宅、商店、影剧院等。
4、幢zhuàng，量词，座。如“一幢大楼”。
5、幢：读chuáng时，用于“经幢(石幢)”“幢幢(影子摇晃)”。又：命理学术语。指凡壬辰日出生的人，日柱壬辰，日支辰在十二生肖中属龙，壬坐辰，故曰壬骑龙背。
6、通常用来表示人、事物或动作的数量单位的词，叫做量词。如头、匹、条等。量词，与代表可计数或可量度物体的名词连用或与数词连用的词或词素,常用来指示某一类别，为名词所指派的物体可按其形状或功用而被归入这一类别(如汉语“三本书”中的“本”）。