微波炉加热的食品没有什么危害。
著名环境化学专家、食品安全专家董金狮：微波炉加热的食品真的有害，这是没有科学依据的。微波炉加热的原理，是通过微波辐射来引起食物内分子间的摩擦、震荡，产生热量，这就好比两只手摩擦会发热一样。分子间的摩擦叫作内摩擦，内摩擦每秒钟会产生3000多次的振荡，微波炉的热量就来自这里。因此，微波炉加热只是物理加热，这种加热方式本身让食物从内到外变热，但不会让食物产生化学变化，也就不会产生所谓的致癌物。
但是微波炉若使用不当，比如用了不锈钢、塑料碗或其他并不适用于微波炉使用的容器加热食物，则有可能因为材料不当而产生致癌物，但并非微波炉的问题。
一、微波炉加热与传统方式的区别
食物随着温度升高到一定程度也会有分子破裂，因此任何烹饪方法都或多或少会导致某些营养素的损失，微波烹饪也不例外。从某种程度上说，与煎、炸、烤等传统烹饪方法相比，微波加热因时间较短，某些营养素的损失更少。但是这种烹饪方式也有缺点。由于这种加热厨具的特性，加热温度不好把控，导致微波炉热菜容易热不透，味道也相对差一点儿，同时油太多的食物也不适合用微波炉加热。
二、微波炉的辐射
辐射广泛存在于自然界中，不必如此紧张。微波炉在生产时已采取屏蔽措施，用金属内胆把微波的辐射屏蔽到人可以完全放心的辐射剂量，只要把微波炉门关上加热，保持一定距离就可以安全使用了。但有个前提，即使用符合国家标准的合格微波炉。
注：微波炉虽然是个好东西，但一定要使用得法，才能给我们带来方便和健康。如果自己不看说明、应用不当，出了问题，不能怪到机器头上。
参考链接：health.sina/hc/2014-03-17/0736128259.s